Madrasah Aliyah NU Putri Buntet Pesantren berdiri pada tanggal 1 juli 1982, atas arahan para Masyayikh Pondok Buntet Pesantren. Hal itu dilakukan karena harapan para wali santri saat itu agar para santri disamping dapat menimba ilmu-ilmu pesantren juga dapat menempuh pendidikan formal lanjutan setelah keluar dari Madrasah Tsanawiyah yang sudah berdiri lebih dahulu pada tahun 1962,  Sementara pendidikan tingkat aliyah yang sudah pernah didirikan diawal tahun 70 an, telah dinegrikan menjadi MAAIN yang sealanjutnya saat ini menjadi MAN 3.  Praktis pondok menjadi tidak memiliki sekolah formal tingkat Aliyah yang langsung kebijaksanaannya ada dibawah kendali pesantren.

Perkembangan kurikulum maupun fisik MANU PUTRI sangat signifikan, dari semula hanya beberapa siswi, sekarang telah ratusan siswi didik. Dari mulai satu ruangan kelas pinjaman, sampai puluhan ruang belajar yang diperuntukkan buat ruang kelas, laboratorium, perpustakaan dan lain-lain. Dari mulai satu jurusan menjadi tiga jurusan, dari hanya beberapa peminatan menjadi banyak ragam peminatan.