Unit Kesehatan Sekolah (UKS) di MANU Putri Buntet Pesantren adalah tim inti yang bertanggung jawab dalam mempromosikan dan menjaga kesehatan seluruh warga madrasah. Kegiatan utama UKS meliputi pemeliharaan kebersihan lingkungan madrasah, pelaksanaan program penyuluhan kesehatan, serta pengelolaan ruang UKS sebagai pos pertolongan pertama dasar. Melalui UKS, siswi dilatih untuk menjadi kader kesehatan, menumbuhkan kesadaran hidup bersih dan sehat, serta memiliki kemampuan dasar dalam melakukan tindakan promotif dan preventif kesehatan di lingkungan sekolah. UKS bekerja erat dengan PMR untuk memastikan lingkungan MANU Putri selalu sehat dan nyaman.