Ekstrakurikuler IPPNU adalah organisasi pelajar putri resmi yang berafiliasi dengan Nahdlatul Ulama (NU), berfungsi sebagai wadah utama pengkaderan dan pengembangan kepemimpinan di MANU Putri. IPPNU bertujuan membentuk pelajar putri yang berkarakter Ahlussunnah wal Jama’ah dengan jiwa kepemimpinan yang kuat, berilmu, dan berakhlakul karimah. Kegiatan di dalamnya meliputi pelatihan organisasi (Makesta), diskusi keagamaan dan kebangsaan, serta aksi sosial. IPPNU MANU Putri secara aktif melatih siswi untuk menjadi agen perubahan yang disiplin, bertanggung jawab, dan siap berkhidmah kepada agama, pesantren, dan masyarakat